Auch wenn ich etwas spät zur Party bin: Windows erlaubt vielen Texteditoren im normalen Gebrauch keine Schreibrechte auf den Programme-Ordner. Nicht immer kommt es beim Speichern zu einer Fehlermeldung, d.h. es kann durchaus sein, dass du deine Änderungen im Texteditor siehst, sie aber eigentlich nicht da sind.
Testweise kannst mal eine der Dateien auf den Desktop kopieren, die Änderungen durchführen, speichern und dann wieder zurückkopieren. Wenn es dann geht weißt du woran es liegt.
Ansonsten hat Imperial vollkommen recht, da stimmt was mit den Pfaden nicht. Wenn du auf die Stargate.bat rechts-klickst -> "Bearbeiten" kannst du den eigentlichen Pfad sehen.
Auch wichtig: Überprüfe, ob die Originaldateien auch noch original sind und nicht hier aus versehen Mod-Dateien gelandet sind.
Einfach testen, indem du das unmodifizierte Spiel ohne Mod startest. Wenn hier plötzlich Stargate-Inhalte erscheinen hilft nur noch Ordner manuell löschen und das Spiel (nicht Mod) neu zu installieren.