Ist sie neu?
Ich hab ein ähnliches Phänomen: wenn ich USB-Sticks im Auto angeschlossen hatte, werden sie beim ersten Einstecken nicht erkannt aber nach mehrmaligem an und abstecken geht es dann wieder (vllt wird was im MBR geändert?).. aber ich denke das hast du gestestet?^^
Wird sie im BIOS erkannt, bzw. kannst du von ihr Booten?
Edit: Der "USB-Controller" ist soweit ich weiß die Treibersoftware der USB-Schnittstelle und hat mit der HDD ansich nichts zu tun.