Richtig, die Batch muss hierhin: C:\Program Files (x86)\LucasArts\Star Wars Empire at War\GameData\Stargate.bat
Aber wenn du irgendwas an der original Game-Data gewurschtelt hast, ist das auf jeden Fall falsch.
Einfach das Spiel installieren und dann den Mod in den angegeben Pfad installieren (egal ob durch die exe oder durch einfaches entpacken, Hauptsache das Ding landet an der richtigen Stelle).
Was genau hast du denn überschrieben?